Natknąłem się na przeszkodę nie do przejścia (przynajmniej tak mi się wydaje).

Mam takie coś:

[HTML] pobierz, plaintext 
<div onclick="window.close();">zamknij</div>
[HTML] pobierz, plaintext 

Jeśli otworzę okno bezpośrednio (wpisując adres do przeglądarki), zamykanie okna nie działa. Natomiast jeśli otworzę to okno przy pomocy window.open(), wówczas działa.

Czy jest to podyktowane względami bezpieczeństwa w FF i czy jest jakiś sposób na obejście tego?

Używając window.close zamkniesz okno które otworzyłeś używając window.open. Innego rozwiązania nie ma.
Wyobraź sobie sytuację kiedy wchodzisz na jakąś stronę i ona zamyka Ci przeglądarkę. Nie byłbyś lekko wnerwiony ?

Krew by mnie zalała

Szkoda, że nie ma info o tym, że skrypt na stronie chce zamknąć okno (tak jak w badzIEwie) Trudno się mówi. Dzięki za info.