Tak jak podaje to np. phpMyadmin lub inne program klienckie do MySQL`a
np

[SQL] pobierz, plaintext 
Pokaż rekordy 0 - 0 (1 wszystkich, Wykonanie zapytania trwało 0.0004 sekund(y))
[SQL] pobierz, plaintext 

mierzysz czas przed mysql_query(), mierzysz czas po mysql_query(). Odejmujesz drugi od pierwszego i masz. Podstawa matematyki - różnica

ps: http://pl2.php.net/manual/en/function.microtime.php

Dzięki nospor. Myślałem że jest może jakaś wbudowana funkcja mysql_* np. mysql_info, lecz czytałem manuala i nie mogłem się dogrzebać tej informacji.
Po Twojej odpowiedzi, przeglądałem kod phpMyAdmina i robią też tak ja Ty pisałeś

[PHP] pobierz, plaintext 
<?php
// garvin: Measure query time.
	// TODO-Item <a href=\"http://sourceforge.net/tracker/index.php?func=detail&aid=571934&group_id=23067&atid=377411\" target=\"_blank\">http://sourceforge.net/tracker/index.php?f...amp;atid=377411</a>
	$querytime_before = array_sum(explode(' ', microtime()));
 
	$result   = @PMA_DBI_try_query($full_sql_query, null, PMA_DBI_QUERY_STORE);
 
	$querytime_after = array_sum(explode(' ', microtime()));
 
	$GLOBALS['querytime'] = $querytime_after - $querytime_before;
?>
[PHP] pobierz, plaintext