Szkoda, że nie napisałeś jaki to framework

np w symfony nie ma problemu z dodaniem kolejnego app, wtedy robisz sobie backend i frontend i masz dwie aplikacje z oddzielnymi modulami itp. W zend najlepiej zrobić sobie podstawowe kontrolery frontu i admina i po nich dziedziczyć później kontrolery w konkretnych modułach w zależności od tego czy to kontroler panelu admina czy frontu.