$id=2;    // numer lini

$pozycja_w_tablicy=$id-1;

$plik="twoj.plik";   // sciezka do pliku



$tab=file($plik);  //zczytujesz plik w tablice



//tu usuwasz te linie mozesz tez przez unset($tab[$pozycja_w_tablicy]);

// ale ja zawsze uzywam splice wiec tez tak pisze :D

array_splice($tab,$pozycja_w_tablicy,1);  



$wpis=implode("",$dane);



$fp=fopen($plik,"w");  

fwrite($fp,$wpis);

fclose($fp);