jak przesłać najlepiej kod html w formacie JSON, wiadomo w struktura pliku JSON wyglada mniejwiecej tak {"nazwa":"wartosc"}
A gdy "wartość" to html, który zawiera znaki " jest problem, hm

a np base64_encode" title="Zobacz w manualu PHP" target="_manual

ok używam, kodownaia w utf-8 koduje w php base64_encode a w js dekoduje funkcją atob, to znikają mi polskie znaki

dlaczego nie obejmiesz tego pojedyńczym apostrofem?? - albo w drugą stronę dlaczego podwójny apostrof nie zamienisz w pojedyńczy w kodzie html?? - lub zawsze jeszcze możesz apostrofa poprzedzić znakiem \ (np. przy pomocy funkcji w php addslashes())

próbowałem tego, ale wyskakują jakieś błędy czasami mimo, ze nie ma nie doszwolonych znaków, czy znak tabulacji też jest nie dozwolonym znakiem?

nie - ale musisz usunąć z kodu html jakąś funkcją w php wszystkie "ENTERY" - znaki nowej lini... jesli w kodzie chcesz mieć znaki nowej lini to musisz zamienić na \r\n....
...a jeśli chcesz te entery tylko po to żeby czytelniej wyglądał wygenerowany kod to musisz najlepiej zrobić tak (w js ciągi znaków łączy się operatorem +):
usunąć entery i tam gdzie ten enter występuje zakończyć tekst po czym dodać w nowej linii (ale to pisze jakbyś chciał generować kod z wcięciami i takimi tam) czyli wtedy:
"bla bla"+
"bla bla"+
"i to jest jeden długi tekst razem z blabla"

ogólnie przy generowanej stronie html w zasadzie znaków nowej lini nie potrzebujesz więc w sumie je możesz całkiem wyżucić... odnośnie ich dodania w kodzie to:
"tekscik i zaraz enter\r\n i nowa linia zaczynająca się od spacji którą zostawiłem żeby było czytelniej ;p"

ogólnie nie wiem jakiego masz edytora tekstu ale w tych lepszych ładnie koloruje składnie oraz jeśli jest jakby "przerwany" tekst w js to też przestaje kolorować np. notepad++... ja kożystam z kwrite i w js dawniej też mi kolorował ale po zmianie linuksa niby koloruje ale już nie zaznacza mi ciągów tekstowych w js (nie wiem co jest skopane a że w js mało się bawię to aż tak głęboko w konfiguracji długo nie szukałem)