Bo zamiast tworzyć nowy szablon za każdym razem, gdy masz inny zestaw paneli, możesz ładować dynamicznie te, które potrzebujesz. I nagle okazuje się, że nie potrzebujesz nagłówka przenosić do osobnego pliku.
Kod
<html>
<head>
<title>{tytul}</title>
</head>
<body>
<div id='header'>
<img src='header.png' />
</div>
<div id='panele'>
{foreach $panele as $panel}
<div id='{$panel.id}'>
{include $panel.file}
</div>
{/foreach}
</div>
...
Aby odpowiedzieć na kolejne pytanie, spróbuję ogólnie streścić ideę tekstu, który Ci podsunąłem i którego nie wiedzieć czemu, nie trawisz. Robisz system szablonów, zatem aby nadawał się on do użytku, musi oferować odpowiednie możliwości, gdyż inaczej polegnie on na najprostszej rzeczy. Takie elementarne cegiełki, które są właściwie niezbędne, to np. instrukcje warunkowe i właśnie pętle, o które się pytasz. Tak więc pytanie nie brzmi: "czy powinno się te pętle dodawać" tylko "dlaczego ich jeszcze nie zaimplementowałeś".
OK, masz już system szablonów z pętlami i tego typu bajerami. I odpowiedz sobie teraz na kolejne pytania:
1. Skoro doszedłeś do takiego poziomu, to czy nie lepiej było wykorzystać jakiś gotowy system, który oferował takie coś od ręki?
2. Czym się te Twoje szablony różnią od pisania w czystym PHP? Chyba jedynie tym, że masz klamerki zamiast
<?php ... ?>, bo jedną połowę rzeczy robisz dokładnie tak samo, jak w PHP, a drugą robisz 2 razy dłużej, bo sobie nie możesz pomóc funkcjami czy obiektówką. Ergo, władowałeś kupę pracy tylko po to, by się ograniczyć

.
Jeśli piszesz system szablonów, by się czegoś nauczyć, to OK, ale jeżeli myślisz o poważnym zastosowaniu, to jest to ślepa uliczka. Żeby taki system faktycznie pomagał, musi się niestety wyróżniać czymś więcej, niż zastąpieniem
<?php ... ?> klamerkami, a "to coś" już nie jest tak łatwe do wymyślenia, o implementacji nie wspominając.