Słuszna uwaga phpion - podzapytania skorelowane

Jakie odpadają? Jeśli obie bazy są na tym samym serwerze i istnieje użytkownik, który ma prawa do obydwóch baz, to może tworzyć zapytania tego typu w postaci baza1.tabela1 LEFT JOIN baza2.tabela2

To tylko kwestia uprawnień usera

Sam tak na localu robię gdy muszę przeparsować dane między bazami i wyniki pchnąć do jednej z nich.
Jeśli nie masz wspólnego to pozostaje jedynie po stronie PHP pisać skrypt, który wykona to. Pobierasz jednym zapytaniem z bazy pierwszej interesujący Cię id i jeśli on istnieje to robisz zapytanie do drugiej bazy by szukało rekordów z tym id. I uważaj na mysql_connect przy łączeniu z 2 bazami. Wiele osób tutaj ma problemy, bo nie wie jak to zrobić. Co jakiś czas potem jest problem i temat o tym na forum.