Czy jest jakas inna funkcja w php lub sposób by z poziomu kodu wysłac cos na fto nie uzywająć ftp_put ?

Tak. Napisanie samodzielnej implementacji protokołu FTP, albo użycie jakiejś biblioteki, która się tym zajmuje.

cURL? W manualu są przykłady.
Ewentualnie:

A macie może pomysł , dlaczego ta sama akcja która zawiera miedzy innymi metode ftp_put odpalona z palca na cronie sie wykonuje ok i wgrywa pliki wszystkie ok na serwer a jak sie odpala ta sama akcja z przez wpis w cronie to czasem wypierdziela sie na tej metodzie ftp_put ? Mieliscie taki przypadek związany z wywołaniem na cronie?