Co właściwie powinno być aplikacją? Wszystko co ma inny szablon całej strony?

Z tego co widzę najczęściej aplikacje dzieli się tak - tworzy się aplikację frontend dla strony i backend dla panelu administracyjnego.

Inny szablon, to po prostu inny plik layoutu i jedna aplikacja może mieć wiele takowych ( choć z praktyki - zazwyczaj do 3-4 max.)
Taki podział jak piszesz jest dobry. W nowej odsłonie frameworka, czyli w symfony2 jest nacisk na większą modularność i zalecają raczej tworzenie nowego projektu niż kolejnej w nim aplikacji.
W 1.4, jako aplikację wstawiaj wszystko, co będzie "rosło" samo w sobie, czyli do czego będziesz dokładał funkcjonalności. Staraj się jak najwięcej pisać jako pluginy, względnie moduły i aplikację traktuj jako spoiwo.

Pozdrawiam