Chce przetrzymywać dane konfiguracyjne dla poszczegolnych modulow w bazie mysql.

Pytanie jak to najlepiej zrobić. Dane chcę odczytywać w postaci np. takiej: contact.googleMap.link, a więc odwołanie do modułu kontaktu, dane mapki googlowskiej, link do niej.

Chciałem to zapisywać w postaci drzewka w Mysql , ale nie weim czy to nie przesada i nie za bardzo to obciazy bazę.
Może po prostu serializować dane i trzymac w jednym rekordzie? To jednak troche utrudni wyszukiwanie i kasowanie pojedynczych danych.

Nie koniecznie. Sam tak robie w pewnym stopniu. Wystarczy odpowiedni kod php (w moim przypadku klasa, która przerabia zserializowany kod na formularze dla edycji, przy submicie z powrotem serializuje i save do bazy);