jest taki artykuł o MVC: http://ferrante.pl/frontend/php/wzorzec-mvc-w-php/
z tego artykułu nie mogę wywnioskować skąd index.php wie, że kontroler znajduje się w katalogu "controllers" a kontroler wie, że model znajduje się w katalogu "model" a widok w katalogu "view"

Nie przyglądając się zbytnio temu tekstowi - tylko pobieżnie zerkając na listing kodu, masz tam tworzenie instancji klasy, a autor po prostu nie napisał czy podpina pliki klas za pomocą autoload, czy zrobił np. include powyżej. Istotne jest (w tym przypadku) nie gdzie trzymasz te pliki klas, tylko czy je podpinasz.

czyli gdzie w tym przypadku powinienem zdefiniować Router::getController(); ?

Nie wiem co tam artykuł opisuje, ale jeżeli chodzi o nazewnictwo i lokalizację klas w PHP to powinieneś przestrzegać "standardu" PSR-0.

może chodzi o dispatcher