Na stronie mam kod flash:

[HTML] pobierz, plaintext 
<object classid="clsid:d27cdb6e-ae6d-11cf-96b8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=9,0,0,0" width="220" height="220">
<param name="movie" value="reklamy/re.swf" />
<param name="quality" value="high" />
<param name="bgcolor" value="#ffffff" />
<param name="loop" value="true" />	
<embed style="z-index: 1;" src="reklamy/re.swf" quality="high" bgcolor="#ffffff" width="220" height="220" type="application/x-shockwave-flash" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" /></object>
[HTML] pobierz, plaintext 

I mam również wyskakujące okienko, które się otwiera/zamyka na podstawie java script:

[HTML] pobierz, plaintext 
echo '<div id="popup" style="display: none; margin-top: 210px; background: url(obrazki/szary.gif) repeat-x #f9f9f9; width: 800px; padding: 10px; padding-top: 5px; color: #525252; position: absolute; left: 50%; margin-left: -413px; text-align: center; border: 3px solid #525252; z-index: 5;">';
echo '<div id="nav" style="width: 200px; padding-bottom: 5px; text-align: left; float: left;">';
echo '</div>';
[HTML] pobierz, plaintext 

Teraz problem jest taki, że jak jest to okno otwarte, czyli display: inline, to prześwitują mi animacje FLASH, ale tylko pod Internet Explorer, jest jakiś sposób na rozwiązanie tego?

To już jest nudne... ustaw wmode na opaque. A jak ustawić wmode? To już doszukaj.