Załózmy mam taki string:

[PHP] pobierz, plaintext 
$zmienna = 'ala ma kota
kot ma ale
[code=cos]to jest kod
tutaj br nie moze
sie znajdowac[/code]
to jest dalszy tekst';
[PHP] pobierz, plaintext 

Po 'obróbce', ten kod powinien wyglądać tak:

[PHP] pobierz, plaintext 
$zmienna = 'ala ma kota<br>kot ma ale<br>[code=cos]to jest kod
tutaj br nie moze
sie znajdowac[/code]<br>to jest dalszy tekst';
[PHP] pobierz, plaintext 

Podsumowując, zamiana \n na <br> wszędzie, oprócz tekstów w tagach [code=*]text[/code].

Mam takie coś:

[PHP] pobierz, plaintext 
	$string = str_replace(array("\n"), array("\n<br />\n"), $string);
	$string = preg_replace("#\[code=([a-zA-Z]+)\](.*?)\[\/code\]#si", (str_replace("\n<br />\n", "\n", '[code=\\1]\\2[/code]')), $string);
[PHP] pobierz, plaintext 

najpierw zamieniam wszystkie \n na <br>, a potem niby 'pozbywam' się tego <br> ze środka tagów [code=*][/code]. Niby dlatego, że się nie pozbywam bo to nie działa... Ktoś mnie oświeci, nakieruje?

Popróbuj najpierw zamienić coś jak /^((?<!\[code).*)$/ na \1<br/> a potem wytnij \r\n. Sorry ale nie mam gdzie sprawdzić teraz czy działa.

Edit: Trochę popłynąłem z tym look-behind. Może zastosuj preg_replace_callback zamiast preg_replace i ten str_replace daj w callbacku to będzie okej.

Niestety nie:

Warning: preg_replace_callback() [function.preg-replace-callback]: Requires argument 2, '[code=\1]\2[/code]', to be a valid callback

[PHP] pobierz, plaintext 
$string = str_replace("\n", "\n<br />\n", $string); 
$string = preg_replace_callback("#\[code=([a-zA-Z]+)\](.*?)\[\/code\]#si", str_replace("\n<br />\n", "\n", "[code=\\1]\\2[/code]"), $string);
echo $string;
[PHP] pobierz, plaintext