To może Ty nam powiedz co Tobie nie działa, a my spróbujemy wtedy znaleźć błąd...?
Pierwsze co rzuca się w oczy:
if($zalogowany > "0"){
Odwołujesz się do zmiennej $zalogowany, a jej nigdzie wcześniej nie zdefiniowałeś, zmienna ta zawsze będzie równa 0 lub FALSE.
if(isset($_SESSION['zalogowany'])){ $_SESSION['user'] = $user;
$_SESSION['password'] = $pass;
}
Tu też przypisujesz do zmiennych sesyjnych zera bo te zmienne w Twoim kodzie nie istnieją, chyba że coś ukryłeś ;>
$check = mysql_query('SELECT * FROM `konta` WHERE `user` = "'.$user.'" AND `password` = "'.md5($pass).'"');
zmienną $user należy filtrować, aby zabezpieczyć się przez sqli.