Witam,
Proszę podpowiedzieć jakiego najlepiej używać sposobu na połączenie z bazą danych? Są chyba 3 takie sposoby (pamiętam, że jest proceduralny i obiektowy i jeszcze jakiś trzeci).

Poszukaj haseł ORM, Doctrine, PDO lub PEAR:DB

tu masz fajnie "przetłumaczone" przykłady ze starego mysql_ na PDO:
http://wiki.hashphp.org/PDO_Tutorial_for_MySQL_Developers

jeśli dopiero startujesz to unikaj mysql_ jak ognia

a tak właściwie, to o co chodzi??
Ja namiętnie użymam SQLyog https://www.webyog.com/?ref=community.aboutus
.... ale gdyby tak gumką od majtek przeciągnąć... to też można. Tylko wydajność kiepska.