[PHP] pobierz, plaintext 
    $doc = new DOMDocument();
 
    $foo = $doc->createElement("foo");
    $doc->appendChild($foo);
 
    $bar = $doc->createElement("bar");
    $foo->appendChild($bar);
 
    $bazz = $doc->createElement("bazz");
    $foo->appendChild($bazz);
 
    echo $doc->saveXML();
[PHP] pobierz, plaintext 

Co chciał bym dostać:

[HTML] pobierz, plaintext 
<foo>
  <bar></bar>
  <bazz></bazz>
</foo>
[HTML] pobierz, plaintext 

Co dostaje:

[HTML] pobierz, plaintext 
<foo>
  <bar>
    <bazz></bazz>
  </bar>
</foo>
[HTML] pobierz, plaintext 

Problem częściowo rozwiązałem, kiedy elementy tworzy się przez $doc->createElement("foo",""); działa dobrze.

Wszystko robisz prawidłowo (możesz to zweryfikować zapisując XML do pliku). Niestety przeglądarki różnie interpretują puste tagi XML-a (sprawdź w IE). Rozwiązaniem może być użycie:

[PHP] pobierz, plaintext 
$doc->saveXML($doc, LIBXML_NOEMPTYTAG);
[PHP] pobierz, plaintext 

zamiast:

[PHP] pobierz, plaintext 
$doc->saveXML();
[PHP] pobierz, plaintext 

Oczywiście sam obiekt dokumentu DOM jest prawidłowy, co możesz sprawdzić w ten sposób:

[PHP] pobierz, plaintext 
echo '<pre>';
for($i = 0; $i < $doc->childNodes->item(0)->childNodes->length; $i++) {
  $cn = $doc->childNodes->item(0)->childNodes->item($i);
  if($cn->nodeType == 1) {
    var_dump($cn);
  }
}
[PHP] pobierz, plaintext