[PHP] pobierz, plaintext 
<div id="a">test01</div>
<script>
JSVar = document.getElementById('a').innerHTML;
</script>
 
<?php
 
$zmienna="<script>document.write(JSVar);</script>";
 
if($zmienna=='test01'){
echo 'yes';	
}
 
 
 
?>
[PHP] pobierz, plaintext 

Witam mimo że wyświetla mi poprawną wartość "test01" to zapytanie if nie działa

No bo niby dlaczego miało by działać? Javascript jest wykonywany po stronie przeglądarki, a PHP po stronie serwera. Twoja kod PHP wygląda tak naprawdę tak:

[PHP] pobierz, plaintext 
if("<script>document.write(JSVar);</script>" == "test01") // Oba ciągi znaków są różne od siebie, więc się nie wykona
[PHP] pobierz, plaintext 

Tak to wiem... tak myśle czy da rade to zrobić jakoś inaczej ty to zadziałało

Nie rozumiesz jednej rzeczy - najpierw wykonuje się skrypt PHP, później dopiero JavaScripty. W Twoim przykładzie porównujesz dwa stringi:

a) "<script>document.write(JSVar);</script>"
b) "test01"

Z punktu widzenia PHP są to stringi. Kod w stringu a) nie zostanie sparsowany przez JavaScript. Ty chcesz wrzucić do PHP kod z JS-a i liczysz na to, że zostanie wykonany jako JavaScript. ; )

Najłatwiej byłoby Ci porównać dwie zmienne po stronie przeglądarki, tj.

[PHP] pobierz, plaintext 
<script>
var imie = "Karol";
var imiePhpowe = "<?php echo "Karol" ?>"; // albo użyć skróconej formy <?= "Karol" ?>,
 
if (imie == imiePhpowe) {
   alert("imiona są takie same");
} else {
    alert("imiona różnią się");
}
</script>
[PHP] pobierz, plaintext 

Jeżeli natomiast chciałbyś przekazać zmienną z JavaScript do PHP, wtedy droga jest trudniejsza, musiałbyś ją przesłać na serwer, przykładowo AJAX-em (lub nie) używając metody POST (GET'a do ustawiania parametrów się nie poleca).

Najprościej jest jednak zrobić to co napisałem wcześniej, czyli zadeklarować zmienną w JavaScipcie i jej wartość ustawić wykorzystując PHP (może to być tez przy pomocy jakiegoś sytemu templatek, np. Twig, Blade etc.)

Pamiętaj - najpierw wykonuje się kod po stronie serwera, później dopiero ten w przeglądarce, nie ma takiej opcji, aby kod JavaScript wykonał się po stronie interpretera PHP - to całkowicie dwa różne języki. ; )