Pytanie banalne, w jaki sposób przechowywać najlepiej datę i czas w bazie?
Używałem kiedyś pola typu datetime ale niestety przy exporcie / imporcie danych z pliku *.sql do faktycznie podanej daty dodawało mi 2 godziny nie wiedziałem jak sobie z tym poradzić i przeszedłem na trzymanie daty w int(10) jako timestampa.

Co jest najlepsze / najbardziej wydajne, zajmuje mniej miejsca ?

Tabela będzie zawierała docelowo około miliona wierszy w postaci 3 kolumnowej, tj. 2 klucze obce powiązane z 2 tabelami i data, każdy wiersz będzie unikalny.

Dane będą wybierane wg daty, daty czasu, data pomiędzy, data i czas pomiędzy

To o czym mówisz to strefa czasowa. Mysql przechowuje dane w UTC. Typ danych należy dobrać zgodnie z wymaganiami a nie kombinować.