upraszczając robię mniej więcej coś takiego

[PHP] pobierz, plaintext 
        try {
            $this->em->getConnection()->beginTransaction();
            PDO::exec($query1)
            throw new Exception();
            PDO::exec($query2)
            $this->em->flush();
            $this->em->getConnection()->commit();
        } catch (\Exception $e) {
            $this->em->getConnection()->rollBack();
            throw $e;
        }
[PHP] pobierz, plaintext 

I oczekuję by przy wyjątku cofnął zapis do bazy z $query1, a nie cofa.

To jest zupełnie inne połączenie. Tak jakbyś chciał wycofać transakcję innemu klientowi.

Czy mogę zastosować transakcję mieszając Doctrine i zapytania INSERT PDO?

To ci mówię że doctrine ma swoje połączenie a pdo swoje. Tak jakby2 różnych klientów połączyło się z bazą. Zupełnie różne obiekty.

Przecież Doctrine też korzysta z PDO i można pobrać połączenie przez getConnection() [w ZF2]. Nie wiem jak wygląda kwestia rollbacków ale połączenie może zostać wykorzystane.

a jeśli zrobię takie dziwactwo?

[PHP] pobierz, plaintext 
        try {
            $this->em->getConnection()->beginTransaction();
           PDO::beginTransaction();
            PDO::exec($query1)
            throw new Exception();
            PDO::exec($query2)
            $this->em->flush();
            $this->em->getConnection()->commit();
           PDO::commit()
        } catch (\Exception $e) {
            $this->em->getConnection()->rollBack();
           PDO::rollBack();
            throw $e;
        }
[PHP] pobierz, plaintext 

jak to się będzie miało z wydajnością?

Ale w jakim celu? Nie prościej tak?

[PHP] pobierz, plaintext 
            try {
               PDO::beginTransaction();
                PDO::exec($query1)
                PDO::exec($query2)
               PDO::commit()
            } catch (\Exception $e) {
               PDO::rollBack();
                throw $e;
            }
[PHP] pobierz, plaintext 

bo używam jeszcze entity managera do zapisu danych w tym bloku try

A po co chcesz używać PDO skoro masz EM ?

pracuję na starym systemie gdzie od niedawna jest doctrine, który z resztą kuleje i czasem można użyć doctrine a czasem nie można. Dobra, to moje dziwactwo działa, zostawiam jak jest.