mam skrypt w ktorym jest timer odliczajacy okreslony czas, kiedy brakuje paru sekund do konca pojawia sie okno alert i w nim napis, jednak timer sie zatrzymuje i stoi dopoki sie nie kliknie ok, da sie to jakos obejsc zeby timer szedł sobie dalej mimo ze okno jest ?

Nie da się. Tak zostało to zaprojektowane, że dopóki okno dialogowe alert nie zostanie zamknięte, inne zadania nie będą wykonywane.

Mozesz sprobowac zespawnowac nowy watek:
kiedy timer dobiega konca dajesz

chyba powinno zadzialac -- niesprawdzalem.