to powinno być proste:
mam pliczek test.txt zakodowany w iso 8859-2, czy bez otwierania go w pliku php mogę go przekodować jakoś na utf-8? znaczy się, czy jest coś w stylu

przekoduj test.txt z iso na utf

?

Czy mogę podmienić zawartość jakiegoś pudełka bez jego otworzenia? NIE. Nie wiem co chcesz osiągnąć w ten sposób.

chciałem uniknąć problemów z kodowaniem, mianowicie strona jest napisana w iso, a plik ma być skodowany na utf-8 i nie chciałbym, by coś z tego iso się tam przeniosło .. a źle kombinuję?

Nie do końca Cię rozumiem. Jak chcesz prze konwertować jakiś plik to po prostu zrób to mniej więcej tak:

[PHP] pobierz, plaintext 
<?php
file_put_contents ('file.txt', iconv ('ISO-8859-2', 'UTF-8', file_get_contents ('file.txt')))
?>
[PHP] pobierz, plaintext 

Dodaj sobie jeszcze sprawdzanie czy konwertowanie zostało pomyślnie zakończone.