Generując szablon, Smarty na początku pliku dodaje niepotrzebną linię. Jest to bardzo niepożądane w plikach XHTML gdyż deklaracja XML-a musi być jako pierwsza w pliku:
Jak się tego pozbyć? Czy muszę korzystać z TIDY?
Mogę wypisywać tą deklarację w PHP ale nie chcę mieszać HTML-a z PHP.
Może są jakieś biblioteki do pożądkowania plików?

imho nie sądze, żeby Smarty sam z siebie tworzył Ci pustą linię na początku jakiegokolwiek pliku.. Może to Twój kod źle obsługuje sprawy generowania tych danych XML.