Czy jest jakaś funkcja, która koduje i odkodowywuje podany plik? Tylko nie mówcie mi o MD5, bo to nie koduje pliku, tylko tworzy jego HASH.

Zainteresuj się tym: mcrypt. Tylko najpierw upewnij się cz masz na serwerze.

Jerśli nie, mozesz pokusić się o napisanie własniej implementacji jakiegoś algorytmy szyfrującego. Jest ich naprawdę sporo.