Ehh chyba trochę mieszacie pojęcia
Weź sobie rachunek za telefon - co tam jest - podatek VAT, faktura za komputer - podatek VAT, kup książkę - podatek VAT ( 0% ;-) ). Także podatek VAT dla osoby prowadzącej działalność nie jest obciążeniem bo płaci ją ostateczny odbiorca towaru, usługi etc. Przedsiębiorca po prostu dolicza ją "dodatkowo" do ceny towaru/usługi.
Jak chce się sprzedawać jakieś oprogramowanie to trzeba założyć działalność gospodarczą, zarejestrować się w US i odprowadzać podatki: dochodwy i VAT - jeśli jest się VAT'owcem. Podatek VAT i dochodowy to dwie różne rzeczy.
Koszt działalności gospodarczej to:
1. ubezpieczenie zdrowotne, składka emerytalna, rentowa itp. - pierwsze dwa lata ~300 zł, później 700 zł miesięcznie,
2. podatek dochodowy.
Był już o tym temat na forum.
Jeśli sprzedajesz komuś jakąś stronę, grafikę to zazwyczaj podpisuje się umowę-zlecenie - wtedy także trzeba zapłacić podatek dochodwy - nawet jeśli zrobiłeś tą stronę za 100 zł. Ewentualnie, jeśli roczny dochód nie przekroczy jakiejś tam niewielkiej kwoty, to US zwróci zapłacony podatek po rozliczeniu rocznym., więc na koniec roku musisz złożyć PIT i taką sprzedaż rozliczać. Przy czym w przypadku umowy-zlecenia podatek powinien zapłacić zamawiający.
Licencja może być załącznikiem do takiej umowy i określać dozwolony użytek oprogramowania.