Witam czy jest możliwość w php, żeby automatycznie np o godz 23:59 wykonywało się update bez włączonej przeglądarki, jeśli tak to proszę o taki kod a jeślinie proszę o coś innego.

samo php nie da rady poczytaj o cron

dałbyś jakiś przykładowy kod? I jak zrobyć, żeby puźniej z poziomu przeglądarki nie dało się odpalić skryptu?

więc tak dopisujesz sobie do cron'a żeby o danej godzinie wywołał twój skrypt w php w panelu hostingu powinieneś mieć zadania cron
nie wiem czy masz tam cPanel czy coś podobnego ewentualnie klepiesz pod konsolą (o ile masz dostęp) a jak nie wiesz co to man cron
a żeby skryptu nie dało się odpalić z poziomu przeglądarki no to może umieść go poza public_html ale to wszystko zależy od twojego
hostingu.