W czym tutaj tkwi błąd?
zapytanie ma zwiększyć pole ile o 1 dla id_podstrony. To id_podstrony ma być pobrane z innej tabeli. nazwa_podstrony to nazwa podstrony do której jest dopisane id. I to id właśnie chce wyciągnąć z tabeli.

$zapytanie2 = "UPDATE statystyki_co.id_podstrony, statystyki_co.ile SET id_podstrony=(SELECT struktura_strony.id_podstrony FROM struktura_strony WHERE struktura_strony.podstrona = '$nazwa_podstrony'), ile=ile+1";

Rób po kolei i co ważniejesze używaj odwróconych apostrofów `` i zwykłych ''. Mnie to nie raz namieszało w kodzie.
Nie działa ci dlatego, że przy wstawianiu zmiennych PHP w zapytaniu SQL nie postawiłeś cudzysłowiu i nie objąłeś zmiennej kropkami w ten sposób:

[PHP] pobierz, plaintext 
$zapytanie1=" SELECT `id_podstrony` FROM `struktura_strony` WHERE `podstrona` = ' ".$nazwa_podstrony." ' "
$zapytanie2= i tutaj update;
[PHP] pobierz, plaintext 

No i nie możesz poprostu sobie zmienić wartości tak: ile=ile+1, bo ja szczerze mówiąc sam nie wiem o co ci chodzi.
Czy chcesz zmienić nazwę kolumny o jeden, czy zawartość pola o jeden?

No ogólnie nie chce robić Twojego rozwiązania bo mi to zwiększa ilość zapytań do bazy. Wole mieć jedno zapytanie niż dwa. I właśnie nie wiem czy tak można zrobić jak ja robie. ile=ile+1 to ma zamysł zwiększania wartości w tej kolumnie o 1.

Nie można.
Zapytania do bazy robi się osobno.
Liczy się wtedy ich kolejność.

Możesz wykonać SELECT, wyprowadzić go do zmiennej, a potem zmienną tą możesz użyć w UPDATE
To chyba najlogiczniejsze podejście do tematu.

Pozdrawiam.



Edit:

[PHP] pobierz, plaintext 
$zapytanie1 = ("SELECT struktura_strony.id_podstrony FROM struktura_strony WHERE struktura_strony.podstrona = '$nazwa_podstrony'";)
$zapytanie2 = ("UPDATE statystyki_co.id_podstrony, statystyki_co.ile SET id_podstrony='$zapytanie1', ile=ile+1";)
[PHP] pobierz, plaintext 

Zrób najlepiej w podobny sposób do wyżej przedstawionego

A i... to ile=ile+1 jest źle jeśli w kolumnie ile nie ma wartości liczbowej. Ja bym to wyprowadził do zmiennej na Twoim miejscu
Niech kod będzie jak najbardziej czytelny.

Yhym. No dobrze. W takim razie dziękuje za wyprowadzenie mnie z błędu i za pomoc Pozdrawiam.