Jeśli masz włączone safe mode, a chcesz koniecznie skrypt umieścić na takim serwie.. set_time_limit oczywiście odpada..
Ale możesz skorzystać z kombinacji paru funkcji microtime, round i prostego liczenia

Pobierasz czas na starcie skryptu.. i np przy każdym obrocie liczysz ile pozostało do końca..
2 sekundy przed limitem wykonujesz @header("Location:skrypt.php?parametry=blabla");
Kolejne parametry dla tego skrypt.. jeśli działa na bazie to zrobisz to tak jak się robi stronicowanie

czyli kolejny LIMIT w bazie
Starałem się krótko.. na takim serwie i z cronem to chyba jedyne rozwiązanie
"Co do daty tematu to napisałem bo pomyślałem że ktoś może szukać rozwiązania.. Wiec teraz znajdzie je tutaj

"