Siema, mam problem ponieważ próbuję wysyłać pliki. I gdy wyłącze javascripta, lub funkcje odpowiadającą za stylizowanie input file[JS]. Wszystko działa prawidłowo. W podglądzie kodu name nie jest usuwane, enctype="multipart/form-data" też nie.

Jak zbadać co się dzieje na stronie po wysyłaniu?
print_r('$_FILES') tylko potwierdza, że przy włączonej funkcji nie leci.

Czym stylizuje?
http://www.appelsiini.net/projects/filestyle
Najbardziej otrąbiona funkcja do stylizacji w internecie, co się nie wpisze po setki stron tego jest. Więc teoretycznie powinno działać ;V

Puść gdzieś stronę HTML-ową na żywo.

http://rewil.iceo.pl/up/
Przeczyściłem do samego formularza tego HTML.

nie mam pomysłu, ale w ich tutorialu pojawia sie atrybut action dla form, spróbuj dodać, może da to jakiś efekt

[HTML] pobierz, plaintext 
 <form action="#"....
[HTML] pobierz, plaintext 

action mam dla domyślnego pliku php, czyli pusty, ale też już próbowałem z bezpośrednim linkiem bo myślałem że to przez to.

Twój kod JS w pliku file.js różni się od tego udostępnionego na stronie pluginu w tutorialu http://www.appelsiini.net/download/jquery.filestyle.js

[HTML] pobierz, plaintext 
...
           var filename = $('<input class="file">')
                             .addClass($(self).attr("class"))
                             .css({
                                 "display": "inline",
                                 "width": settings.width + "px"
                             });
...
[HTML] pobierz, plaintext 

[HTML] pobierz, plaintext 
            var filename = $('<input class="file_text" type="text" readonly="readonly">')
                             .addClass($(self).attr("class"))
                             .css({
                                 "display": "inline",
                                 "width": settings.width + "px"
                             });
[HTML] pobierz, plaintext 

atrybut readonly="readonly" może uniemożliwiać zapisanie danych, spróbowałbym dołączyć oryginalną wersję skryptu i wykonać test

To już zwykły html jest, nie wpływa na kod po za właściwościami graficznymi. Dla testu fabryczny kod też testowałem i nie działa, ale po przeglądnięciu całego wydaje mi się to bez sensu bo nic nie modyfikuje pliku, a w źródle wygląda to dalej jak powinno aby wysłać plik na serwer. Zakładałem też, że kod się gryzie. Ale powinno wtedy wywalić JS, ew. coś mu namieszać, ale jeżeli źródło pliku html jest poprawne to powinno i tak przepuścić.
Dlatego szukam sposobu jak sprawdzić co się dzieje gdy ten plik przeładowuje się ze strony na strone, bo ewidentnie to robi za krótko w porównaniu z uploadem.