Witam,
czy ktoś się orientuje czy istnieje możliwość przekopiowania z jednej bazy do drugiej samych struktur tabel

Jest taka mozliwosc. Sciagasz same struktury danych do pliku sql, a potem ladujesz ten plik sql w nowej bazie.

Chodzi o zapytanie sql, to nie jest jednorazowy zabieg, chodzi aby odbywało się to automatycznie

Obawiam się, że sobie nie poradzisz. Same kolumny można przekopiować np. tak: CREATE TABLE baza2.tabela AS SELECT * FROM baza1.tabela WHERE 0=123, albo w jakiś sposób korzystając z SHOW CREATE TABLE... i wykonanie tego.
Ale same kolumny, to nie tabela, ani baza. Pozostają klucze, checki (na mySQL nie grozi), indexy, inne contrainty, view, triggerry itp. A to trzeba kopiować w dobrej kolejności. Bez zewnętrznego programu raczej sobie nie poradzisz. Potrafię zrobić tabelę, z którą sobie PHPmyAdmin nie poradzi

[SQL] pobierz, plaintext 
CREATE TABLE foo LIKE bar;
[SQL] pobierz, plaintext