Witam,
Mam nadzieje, że temat ten nadaje się do php Pro, wszak chodzi o wydajność i strategie tworzenia, a nie konkretny problem.

Przyjmijmy, że chodzi o CMS/Sklep internetowy sprzedawany konkretnym firmą. Jaki sposób pisania go jest lepszy:

1. Sposób

Każda firma ma swój katalog, w którym znajdują się skrypty obsługujące ich CMS wraz z modułami. Mamy tu doczynienia z sytuacją, gdzie dla każdego klienta jest przeznaczony katalog w którym jest jego kopia CMSa. Kopie się od siebie niczym nie róznią, każda ma wszystkie możliwe moduły, o tym z których modułów sklep może korzystać decydują dane w bazie danych.
Np.
/firma_xxx/index.php
/firma_yyy/index.php
/firma_zzz/index.php
itd. (katalogi konkretnych firm mają też podkatalogi z jądrem skryptu, modułami itd.)

2. Sposób

Jest tylko jeden skrypt CMS wraz z modułami w katalogu głównym, który na postawie wpisanego adresu url (np. domena.pl lub jakieś subdomeny), decyduje, której firmy stronę otworzyć.
Np.
/index.php

Które rozwiązanie jest wydajniejsze, mniej obciążające serwer.

I podobny problem dla bazy danych:

1. Sposób
jest jedna baza danych z tabelami poprzedzonymi prefixem dla konkretnych firm. np.
sklep_users
sklep_product
sklep_client

mechanik_users
mechanik_product
mechanik_client

2. Dla każdego klienta zakładana jest oddzielna baza.
baza mechnik: tebele users, product, client

Przy założeniu, że poszczególne firmy nie będą przechowywywać masy informacji w tabelach.
Średnio 1000 do max. kilku tysięcy rekordów w każdej z tabel.

nie pokładaj nadziei w nadziei (a moze nadzieji )

przenoszę na php.

Sam silnik aplikacji powinien byc w jednym katalogu tak jak i biblioteki. Natomiast templaty czy tez akcje poiwnny byc ustalaneg wg. pliku konfiguracyjnego.. dzieki temu np. moze byc wspolny admin, ale wyglad strony moze byc juz inny.

Baza danych... kazda firma osobna baze powinna miec wg mnie, jest to poprostu bardziej mobilne, minusem jest to, ze jesli niedajboze bedziesz musial zmienic strukture bazy to bedziesz musial zrobic to w kazdej bazie z osobna.