Funkcję jak funkcję, potraktuj stringa jak tablice:
$test = "To jest Test";
$test[2] = "_";
$test[7] = "_";
//edit
w tym momencie napisanie stosownej funkcji przyjmującej jako parametry dwie tablice (pierwsza np. pozycji druga - zamienników) oraz oryginalny string nie powinno być żadnym problemem.
// edit2
albo użyj funkcji substr_replace