witam
Mam sobie jquery i kilka draggable i droppable.
Teraz jak sprawdzić czy w danym droppable jest już coś wrzucone?

A jak dodajesz elementy do droppable?

na zasadzie przeciągania i upuszczania.
mam 6 elementów do przeciągania i 6 stref do opuszczania.
chcę żeby w tym samym czasie w każdej z tych stref mógł być tylko 1 element.

To poczytaj o metodach zdarzeniach dla droppable w których będziesz mógł kontrolować co jak i gdzie.
http://docs.jquery.com/UI/Droppable#events

no tak chodzi ci o event drop.
Z tym że to nie takie proste z racji tego że:

każde przetasowanie w tych upuszczanych elementach jest zapisywane w bazie.
Tzn jak coś przerzucam to skrypt sprawdza jaki id przerzucamy i gdzie to przerzucamy.
zapisuje to w bazie.
Tylko teraz nie wiem jak zmusić skrypt do tego żeby sprawdzał po takim zapisie czy wcześniej tam czegoś nie było już przypadkiem.
bo z tego co widzę to nie da się odwołać do elementów wrzuconych w dany kontener, bo nie ma korelacji pomiędzy nimi.

Dlatego twoim zadaniem jest zaimplementowanie owej korelacji za pomocą podanych zdarzeń.
Nie wiem czy cię dobrze rozumiem, ale jeżeli domyślnie podczas ładowania strony wrzucasz jakieś elementy do droppable to po jej załadowaniu powinieneś zadbać o odpowiednią obsługę w/w funkcjonalności.