Mam aplikację 32 bitową a serwera na którym bedzie ona działać jest 64 bitowy. Aplikacja nie działa prawidłowo ze względu na zakres zmiennych typu int. Co można zrobić aby wszystkie operacje były przeprowadzane na intach 32 ?

Jakie są konkretne problemy? Kod 32-bitowy powinien bez problemu działać pod 64-bitowym systemie.

są tam operacje bitowe >> << i modulo 2 do 32 i na wersji 64 to nie zadziała.

Nie jestem pewien (sam nigdy nie miałem tego problemu), ale być może będziesz musiał w następujący sposób:

[PHP] pobierz, plaintext 
if (PHP_INT_SIZE == 4) {
  $a << /* wersja na maszyny 32-bitowe */
} else {
  $a << /* wersja na maszyny 64-bitowe */
}
[PHP] pobierz, plaintext 

(oczywiście możesz sobie gdzieś wcześniej zdefiniować jakieś stale IS_64BIT, IS_32BIT by te warunki były bardziej ludzkie.