https://jsfiddle.net/mvLdzfxx/1/

grupowanie działa ale mam taki specyficzny problem, że gdy jest ustawiony scrollY czyli tabela ma być ze scrollem i zostanie wykonany draw() to select2 zaczyna szwankować.
Wybieramy select, grupujemy i znowu otwieramy select i wtedy nie możemy go już zamknąć klikając w okół choć sam select zadziała.

[PHP] pobierz, plaintext 
            d.prototype._attachCloseHandler = function(b) {
                a(document.body).on("mousedown.select2." + b.id, function(b) {
                    var c = a(b.target)
                      , d = c.closest(".select2")
                      , e = a(".select2.select2-container--open");
                    e.each(function() {
                        var b = a(this);
                        if (this != d[0]) {
                            var c = b.data("element");
                            c.select2("close")
                        }
                    })
                })
            }
[PHP] pobierz, plaintext 

Wywala się na tym close.

Miałem podobny problem, tyle że z tą biblioteką http://silviomoreto.github.io/bootstrap-select/ Przy ustawieniu scrollX, rozwijana lista zamiast wyjeżdżać w górę robił dodatkowy scroll w pionie. I w żaden sposób nie szło tego ominąć. Jak ustawiłem inny kontener do którego jest dopisywana rozwijana lista, to nie działało jej zamykanie i wyświetlała się w złej pozycji. Ale problemu nie udało mi się niestety rozwiązać z braku czasu.

dziwne że wywala błąd przy "change". Użyj dedykowanych nazw eventow dla select2 i będzie grało

https://jsfiddle.net/mvLdzfxx/6/

Niestety w Twoim fiddlu po posortowaniu i próbę kliknięcia w body nadal jest błąd:
TypeError: c is undefined

możesz dokładniej napisać krok po kroku jak wywołać błąd ? Klikam na wszelkie możliwe sposoby i żadnego błędu nie mam, najprawdopodobniej źle zrozumiałem Twój problem.

Nie wiem sam jak wtedy ten błąd wywołałem, może wczytałem zły fiddle.
Jak najbardziej skrypt działa, szkoda tylko, że trzeba tu tyle rzeźbić dla takiej pierdółki