Czy jeśli funkcja jest zdefiniowana (ma długość powiedzmy 300 linii kodu), a w danym pliku jest nieużywana bardzo obciąża to szybkość działania systemu? W zasadzie jeśli jest nieużywana parser sprawdza jedynie poprawność kodu, ale nie wykonuje żadnych zbędnych akcji.

W zasadzie sam sobie odpowiedziałeś
Obciąża jedynie tyle że musi wczytać plik (z funkcją) do pamięci i sprawdzić poprawność kodu, a wykonać dopiero przy późniejszym ewentualnym wywołaniu funkcji.

Ale jeśli w tym pliku jest nieużywana, to po co ją definiować?