Integruje dwa scrypty, w których występują dwie funkcje o takiej samej nazwie, przez co wywala mi błąd. Czy można sobie z tym w jakiś sposób poradzić nie zmieniając nazwy jednej z nich? Wiem, że w innych językach od tego są przestrzenie nazw, ale czy w php można to jakoś ominąć?

Zrobić np. tak, żeby dana funkcja była niewidoczna przez parser php mimo, że jest includowana?

mozesz umiescic te funkcje w jakiejs klasie etc. ale to tez wymagaloby paru zmian.. wydaje mi sie ze przy includowaniu bedziesz zmuszony zmienic nazwe funkcji, jednak na 100% nie jestem pewien

Raczej zmusić parsera php, żeby owej funkcji nie używał się nie uda, ale możesz przy jej deklaracji sprawdzić czy już nie istnieje za pomocą function_exists()

Manual:
http://pl2.php.net/manual/pl/function.function-exists.php
w komentarzach są fajne przykłady