Masz taką możliwość i podam Ci 2 sposoby:
1) Przeładowywanie strony za pomocą AJAX'a (a raczej tylko niektórych elementów tak, żeby element z animacją pozostał nieruszony)
2) Wszystkie linki traktujesz JS'em. Dajesz im zdarzenie onclick="idzDoAdresu(this.href); return false;" I robisz coś w stylu:
Kod
function idzDoAdresu(adres){
document.location.href = adres + "?czas=" + pobierzAktualnyCzasPlayera();
}
Funkcja pobierzAktualnyCzasPlayera() - wiadomo do czego służy. Możesz ją zbudować np. odliczając sekundy od wystartowania animacji flash (czyli dźwięku). Wtedy po przeładowniu strony masz informację gdzie zatrzymał się poprzednio dźwięk. Startujesz go od ostatnio granej sekundy.
Kilka podpowiedzi:
sount.start()Połączenie JS i FlashMoim zdaniem bardziej elegancki jest sposób nr 1. Do tego muzyka będzie grała nieprzerwanie. Ale wybór należy do autora

Chciałem tylko pokazać, że taki problem można rozwiązać w miarę łatwo przynajmniej na kilka sposobów.