Dotychczas na początku tworzenia bazy danych dodałem osoby.

[SQL] pobierz, plaintext 
INSERT INTO nick VALUES ('','".$matches[1][$i]."') //Było ich 50,000
[SQL] pobierz, plaintext 

Jak zrobić zapytanie które doda nowe nicki a jak napotka już istniejący nick to zostawi go w spokoju...

[SQL] pobierz, plaintext 
INSERT IGNORE INTO nick VALUES ('','".$matches[1][$i]."')
[SQL] pobierz, plaintext 

lub jeśli za pomocą php to robisz:

[PHP] pobierz, plaintext 
<?php
@mysql_query("INSERT INNTO nick VALUES ('','".$matches[1][$i]."')");
?>
[PHP] pobierz, plaintext 

[SQL] pobierz, plaintext 
INSERT INNTO nick VALUES ('','".$matches[1][$i]."','','')
[SQL] pobierz, plaintext 

Jak dodać opuszczając też kolumny czas oraz ban?

Ja na Twoim miejscu wrzuciłbym tam wartość 0.

Czyli:

[SQL] pobierz, plaintext 
INSERT INNTO nick VALUES ('', '".$matches[1][$i]."', '0', '0')
[SQL] pobierz, plaintext