Tak bardzo amatorsko, ale powinienneś sobie poradzić, to jak napisał kolega wyżej:
Kod
$plik = file('plik.txt');
w zmiennej $plik masz tablicę której klucz = numer linii (numerowane od zera)
do usuwania wierszy z pliku użyj unset():
Kod
unset($plik[0]); // usunie pierwszą linię pliku
do dodania oczywiście:
Kod
$plik[] = 'to sie doda na końcu pliku';