Witam, mam taki duży problem, otóż maile wysyłane przez skrypty php z serwera idą wolno (nawet 30 min), a maile wysłane przez programy pocztowe idą normalnie, szybko. Co mogę zrobić aby nie było takich opóźnień i dlaczego tak się dzieje ?

Wysyłać przez SMTP.

Sprawdź listy RBL, także to, czy masz wdrożone SPF, czy nie masz jakichś brakujących nagłówków (niektóre potrafią włączyć opóźnianie u innych hostów jako zabezpieczenie antyspamowe), pogadaj najlepiej z administratorem serwera.