Mam menu jako aplikację, jednak gdzie ją umieścić, w jaki sposób wywołać? Przychodzi mi na myśl jedynie nieeleganckie rozwiązanie z pobraniem danych z bazy, wszczepieniem kodu do szablonu frontendu. Jednak raczej kłóci się to z zasadami MVC?

Zakładając, że ta aplikacja jest dobrze napisana i bardzo elastyczna - czyli da radę ją w miarę łatwo zintegrować z innym projektem - to możesz przerobić ją na plugin.
Z tym, że to co chcesz wyświetlać (menu) umieść w komponencie.

W przypadku, gdy nie rozumiesz terminów które użyłem powyżej to lepiej teraz nie zaczynaj, tylko przeklej moduły z aplikacji obsługującej menu do tej docelowej, uaktualnij konfigurację i jedziesz.

Chyba się nie zrozumieliśmy. W planach mam wykorzystanie Symfony do projektu, strona będzie się składała z nagłówka, menu nawigacyjnego oraz contentu. Nagłówek nie jest problemem ponieważ jest elementem stałym i mogę zdefiniować go w głównym szablonie, content będzie wypełniany aplikacjami, a menu nawigacyjne? Chcę mieć możliwość zarządzania nim (więc będzie jako aplikacja?) jednak ma się wyświetlać w zupełnie innym miejscu, praktycznie zawsze jeśli chodzi o frontend. Napisanie modelu menu nie będzie stanowiło problemu, jednak problemem jest logiczne osadzenie go na stronie.

To tak jak napisałem, wyświetlenie menu jako komponent.
Co do zarządzania menu to dokładnie tego nie napiszę, bo nie wiem jak bardzo chcesz je zintegrować z innymi modułami strony. Powinno się to zamknąć w kilku modułach.

edit:
...kilku modułach, ale nie osobnej aplikacji.

jeśli jest to ruchomy element ja bym napisał go w komponencie i osadził na stronie w slocie.