Nie wiem co ma tu doctype do rzeczy.
Krzaczków nie powinno być, bo polskie znaki w TinyMCE są zakodowane jako UNICODE. Może ściągnąłeś nieoficjalny albo stary plik językowy? Spróbuj ściągnąć najnowszą wersję TinyMCE i plik językowy (wszystko z oficjalnej strony) i zobacz czy to coś zmieni. Jak nie to będziemy dociekać dalej.
EDIT
Teraz przeczytałem, że zmieniłeś wszystkie en na pl w tiny_mce_src.js. Przecież tego pliku się nie rusza

Przeczytaj może najpierw tutorial jak używać TinyMCE. Język określasz jako parametr kodu wstawiającego ten interfejs, a nie w samych źródłach. Przykładowo ja mam coś takiego:
Kod, który wykonujesz na stronie, gdzie ma zadziałać TinyMCE (zamienia textarea na te ulepszone z WYSIWYG):
tinyMCE.init({
// General options
mode : "textareas",
theme : "advanced",
language : "pl",
plugins : "pagebreak,style,layer,table,save,advhr,advimage,advlink,emotions,iespell,in
linepopups,insertdatetime,preview,media,searchreplace,print,contextmenu,paste,dir
ectionality,fullscreen,noneditable,visualchars,nonbreaking,xhtmlxtras,template,wo
rdcount,advlist,autosave",
// Theme options
theme_advanced_buttons1 : "bold,italic,underline,strikethrough,|,justifyleft,justifycenter,justifyrigh
t,justifyfull,formatselect,fontselect,fontsizeselect",
theme_advanced_buttons2 : "cut,copy,paste,pastetext,pasteword,|,search,replace,|,bullist,numlist,|,out
dent,indent,blockquote,|,undo,redo,|,link,unlink,anchor,image,cleanup",
theme_advanced_buttons3 : "insertdate,inserttime,preview,|,forecolor,backcolortablecontrols,|,hr,remov
eformat,visualaid,|,sub,sup,|,charmap,emotions,iespell,media,advhr,|,print,|,ltr,
rtl,|,fullscreen",
theme_advanced_buttons4 : "insertlayer,moveforward,movebackward,absolute,|,styleprops,|,cite,abbr,acro
nym,del,ins,attribs,|,visualchars,nonbreaking,template,pagebreak,restoredraft,|,h
elp,code",
theme_advanced_toolbar_location : "top",
theme_advanced_toolbar_align : "left",
theme_advanced_statusbar_location : "bottom",
theme_advanced_resizing : true,
// Example content CSS (should be your site CSS)
// content_css : "/css/style.css",
// Drop lists for link/image/media/template dialogs
template_external_list_url : "lists/template_list.js",
external_link_list_url : "lists/link_list.js",
external_image_list_url : "lists/image_list.js",
media_external_list_url : "lists/media_list.js",
// Style formats
style_formats : [
{title : 'Bold text', inline : 'b'},
{title : 'Red text', inline : 'span', styles : {color : '#ff0000'}},
{title : 'Red header', block : 'h1', styles : {color : '#ff0000'}},
{title : 'Example 1', inline : 'span', classes : 'example1'},
{title : 'Example 2', inline : 'span', classes : 'example2'},
{title : 'Table styles'},
{title : 'Table row 1', selector : 'tr', classes : 'tablerow1'}
],
// Replace values for the template plugin
template_replace_values : {
username : "Some User",
staffid : "991234"
}
});
I pamiętaj o ściągnięciu paczki jeszcze raz, lepiej nie tykaj już więcej tiny_mce_src.js tylko pobierz wszystko od nowa.