Chciałbym zablokować za pomocą htaccessa stronstruować regółę, która zablokuje pobieranie plików (bezpośrednie) lub listowanie katalogów za wyjątkiem kilku wskazanych prze zemnie katalogów.

czyli coś takiego ....
JEŚLI (RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -f [or] RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -d) [AND] "nie prawda że plik/katalog znajduje się w katalogu: "/katalog1", "/katalog2".... TO przekieruj na stronę główną.