I jedno i drugie

Grunt, to zrobić menu w taki sposób, by działało ajax'em, a w razie wyłączonego/braku JS po stronei klienta - aby nadal działało prawidłowo, tyle że z przeładowaniem strony.
Ogólnie idea jest prosta:
1. robisz normalne, klasyczne menu z wykorzystaniem Zend_Navigation,
2. W widoku, który renderuje menu / w layoucie - bez znaczenia, wstawiasz JS, który na kliknięcie linku z menu pobiera adres, wykonuje akcję (load content do wskazanego miejsca i return false, by zapobiec przeładowaniu strony).
To wszystko chyba, w razie problemów - pisz wraz z fragmentem problematycznego kodu.