WItam

Czy można jakoś mieżyć czas w którym użytkownik jest zalogowany ?
Logowanie mam oparte na sesjach i ciasteczkach

zależy jakiej dokładności oczekujesz, jeżeli tak "mniej więcej" to możesz stworzyć w bazie tabelę z kolumnami ( ID| ID Użytkownika | Czas zalogowania | Ostatnia aktywność ) przy każdym odświeżeniu strony zrobisz update ostatniej aktywności i potem będziesz sprawdzał różnice. Pamiętaj też, że Google Analytics trzyma dane na temat tego jak długo użytkownicy spędzają czasu na stronie.

Jeżeli potrzebujesz dokładniejszej precyzji, to możesz uaktualniać czas AJAXem co jakiś interwał i niezależnie w tle.