Czy jeżeli na serwerze dedykowanym jest możliwość skorzystania z Direct Admin, to czy nie trzeba będzie już nic konfigurować na Linuksie (mam na myśli instalację MySQL, PHP, CRON'a, kont FTP, itd.)?

DA dużo ułatwi, ale wszystkiego za Ciebie nie zrobi.

http://www.directadmin.com/installguide.html

DA instaluje praktycznie wszystko z poziomu tego skryptu.