Zgodnie z przykładami z Google:
http://jsfiddle.net/AwBFh/1/
niestety nie działa to zupełnie?
Docelowo chodzi mi tylko o banery flash ale chyba nie ma większej różnicy bo player YT jest flashowy

Tutaj normalny obiekt flashowy.
http://jsfiddle.net/AwBFh/2/

Ogólnie chodzi mi o przechwycenie kliknięcia ale też potem jego zwolnienie - aby reakcja domyślna się wykonała (np. jeśli to baner to następuje przekierowanie).

dodaj do parametrów flasha wmode = transparent

http://jsfiddle.net/AwBFh/3/

Niestety nie jest to co szukam.
Staram się znaleźć coś co nie wymaga ingerencji w plik swf i najlepiej też bez edycji kodu.

Ale nawet tymczasowo bym przyjął takie rozwiązanie lecz powoduje ono że przechwytuje kliknięcie ale nie wykonuje domyślnej akcji (play).
http://jsfiddle.net/AwBFh/4/
return true; nic nie daje.

to nie kwestia tego rozwiązania tylko alertu sprawdź w konsoli

http://jsfiddle.net/AwBFh/5/