Są dwa kody źródłowe w przeglądarce:

[HTML] pobierz, plaintext 
   <div id="glowny">
	     <div id="naglowek">
		<a href=""><h2>O firmie</h2></a>
	     </div>
 
	     <ul>
		<li><a href="#">XXX</a></li>
		<li><a href="#">YYY</a></li>
		<li><a href="#">ZZZ</a></li>
	     </ul>
 
   </div>
 
[HTML] pobierz, plaintext 

oraz

[HTML] pobierz, plaintext 
	<div id="naglowek"><a href=""><h2>O firmie</h2></a></div><ul><li><a href="#">Podkategoria1</a></li></ul><ul><li><a href="#">Podkategoria2</a></li></ul><ul><li><a href="#">nowe</a></li></ul><ul><li><a href="#">Podkategoria3</a></li></ul>	</div>
[HTML] pobierz, plaintext 

Tak są wyświetlane po zobaczeniu źródła strony, teraz moje pytanie czy ma to jakieś znaczenie jak one będa wyświetlane, czy tak jak w I kodzie czy tak jak II ? Czy przeglądarka w jakiś sposób zwraca na to uwagę, mówiąc wprost czy ma to jakiekolwiek znaczenie prócz estetycznych gdy ktoś sobie podglądnie źródło strony i zobaczy taki "bajzel" jak w II kodzie?

Nie ma to żadnego znaczenia.

Białe znaki pomiędzy tagami mogą zostać zinterpretowane jako "faktyczny biały znak" (tj. spacja) w przypadku gdy mamy do czynienia z elementami liniowymi. Przykład: http://jsfiddle.net/Ckbpd/