Cześć,

z tego co widzę pomimo exit php dalej przesyła plik:

[PHP] pobierz, plaintext 
if(!in_array($ext, $allow))
			exit('file ext error');
[PHP] pobierz, plaintext 

Wygląda na to, że po przesłaniu post z $_FILE do pliku upload automatycznie się zaczyna. Jak sprawdzić rozszerzenie, a następnie dopiero uruchomić upload?

PHP odpada bo działa po stronie serwera, dopoki plik nie znajdzie sie na nim parser nie bedzie mial jak sprawdzic warunku

Musiałbyś użyć czegoś w stylu plupload i sprawdzić rozszerzenie po stronie przeglądaki, ew, wysłać do skryptu walidującego info o pliku którego uploadowanie ma się rozpocząc, odeslac odpowiedz do przeglądarki i działać dalej.

Jeśli chodzi o sprawdzanie rozszerzenia pliku to polecam;
http://php.net/manual/pl/function.pathinfo.php

funkcja zwróci Ci m.in: "extension" później jeszcze http://php.net/manual/pl/function.strtolower.php i będzie ok.
Jeśli chodzi o przerwanie uploadu to zainteresowałbym się jakimś ajaxowym uploaderem, który oferuje taką możliwość.

http://jasny.github.com/bootstrap/javascript.html#fileupload to jest fajny upload, ale oczywiście nie wszędzie działa