W pliku gdzie masz formularz robisz sobie funkcję:
Kod
function sd(txt){
document.getElementById("ref").value=txt;
document.getElementById("f").submit();
}
txt - wartość przekazywana przez hiddenmodyfikujesz formularz:
<input type='submit' name='zapisz'> <input id='ref' type='hidden' name='refresz'>
Nie wiem w jaki sposób chcesz wysyłać formularz, załóżmy że to button, wtedy w popupie piszesz:
<button onclick="opener.sd('tekst w hiddenie')">wyślij
</a>
jako wartość przekazywaną przez funkcję sd podajesz to co chcesz przesyłać hiddenem